Họ Hươu nai có ít nhất 90 loài; danh sách các chi dưới đây dựa trên một số nghiên cứu phân tử và phát sinh chủng loài của Elisabeth Vrba, Colin Groves và Peter Grubb và một số tác giả khác. Lưu ý rằng các thuật ngữ chỉ ra nguồn gốc của các nhóm, chứ không phải là phân bố hiện tại của nhóm. Chẳng hạn, hươu nước là loài có nguồn gốc Tân thế giới nhưng ngày nay chỉ còn tại Trung Quốc và Triều Tiên. Họ Cervidae được tổ chức như sau:[1][2][3][4][5][6]

• Phân họ Capreolinae (Hươu Tân thế giới)
  • Chi Alces - nai sừng tấm
  • Chi Blastocerus
  • Chi Capreolus
  • Chi Hippocamelus
  • Chi Mazama
  • Chi Odocoileus
  • Chi Ozotoceros
  • Chi Pudu
  • Chi Rangifer - tuần lộc
• Phân họ Cervinae (Hươu Cựu thế giới)
  • Chi Axis
  • Chi Cervus - hươu
  • Chi Dama
  • Chi Elaphodus
  • Chi Elaphurus
  • Chi Przewalskium
  • Chi Rucervus
  • Chi Rusa
• Phân họ Hydropotinae
  • Chi Hydropotes
• Phân họ Muntiacinae
  • Chi Elaphodus
  • Chi Muntiacus - mang